Bakgrunnen for opprettelsen av 3 nasjonale fartøyvernsentre, var en erkjennelse av at deler av den maritime håndverkskompetansen stod i fare for å forsvinne. Sentrene skulle sikre utøvelse av tradisjonelle maritime håndverk, men også samle dokumentasjon og bygge opp en kunnskapsbase til gavn for et stadig voksende fartøyvern. Bak prosessen stod Norsk Forening for Fartøyvern, Riksantikvaren med flere. I 1994 kom proposisjonen i Stortingets Energi-og miljøkomite som la grunnlag for senere vedtak om etablering av 3 fartøyvernsentre i Kristiansand, Norheimsund og Gratangen.

I 1996 ble Stiftelsen Nordnorsk Fartøyvernsenter og Båtmuseum opprettet. Stifterene var de tre nordnorske fylkene og Gratangen kommune. At et fartøyvernsenter ble lagt til Gratangen, skyldtes i stor grad det fartøyvernarbeidet som var lagt ned gjennom det kommunale museet, Gratangen Båtsamling, under Sverre Nordmos ledelse. Gratangen Båtsamling hadde fra før ansatt båtbygger og mekaniker, og benyttet også arbeidskraft gjennom ulike sysselsettingstiltak. Museet inngikk i den nye stiftelsen, og i løpet av 1996 ble det ansatt ytterligere to båtbyggere, dokumentasjonsansvarlige og administrasjonsassistent. Museet var tidligere godkjent som lærebedrift i trebåtbyggerfaget og den nye stiftelsen tok inn to lærlinger. Det var bestemt at fartøyvernsenteret skulle bygges opp på det kommunale industriområdet Hellarbogen, ca 15 km lengre ut i fjorden fra Gratangsbotn der museet lå. De første årene under etablering av et nybygg med slippanlegg, var preget av provisoriske løsninger med brakker, plasthall og arbeid ved kai for de første prosjektene. Når fartøy måtte på slipp ble arbeidene utført i Harstad. Ofte ble det tidligere Mathiassen Mekaniske Verksted benyttet. Det var bevilget en sum over statsbudsjettet til oppbygging av senteret, men det var behov for lånefinansiering for å få fullført det første byggetrinnet. Bidrag fra de tre nordnorske fylkene sikret at fartøyvernsenteret kom i forsvarlig drift med nødvendige fasiliteter.

Som et ledd i det tidlige fartøyvernarbeidet i regionen, hadde Gratangen Båtsamling påtatt seg eierskap til en rekke fartøy for å hindre kondemnering av disse. Dette ble til en viss grad også mandatet til fartøyvernsenteret. Etterhvert ble det en belastning for senteret, da midler til bevaring uteble for mange av fartøyene og det allikevel ble nødvendig med kondemnering. Spesielt etter at det ble forbudt å senke fartøy, ga dette også økonomiske belastninger for fartøyvernsenteret, ved siden av det kulturhistoriske tapet.

I 1998 var arbeidene med det nye senteret kommet så langt at man kunne ta opp det første fartøyet på slipp. Det var M/K Brottsjø som var et av stiftelsens egne fartøy. Imidlertid lå fortsatt administrasjonen og andre bekvemmeligheter inne på museet i Gratangsbotn. I 1999 var slipp 2 ferdig og her var første prosjekt Anne Bro fra Svolvær. Mot slutten av 2000 var senteret klart til bruk med kontorer, garderober og spiserom. Senere har det vært utvidelser av det mekaniske verkstedet og sist i 2010 ble et nytt bygg med større spiserom, kontor og møterom tatt i bruk. Underetasjen her huser også Nasjonalt delelager for fartøyvern.

I 2006 ble administrasjonen flyttet permanent fra museet i Gratangsbotn til Hellarbogen. Antall fast ansatte har økt fra 6 i 1996, til 18 i 2024. I hektiske perioder har nærmere 30 personer hatt ansettelsesforhold ved senteret. Tilgangen på kvalifisert arbeidskraft  i Norge innenfor våre fagfelt har falt dramatisk, og idag er det ansatte fra en rekke ulike nasjoner ved senteret. Fra 2009 har museumsavdelingen vært uten fast bemanning. I samme periode har det blitt opprettet en avdeling for bygningsvern ved fartøyvernsenteret. Det har vist seg å være et behov for bygningsvernkompetanse lokalt og regionalt. For fartøyvernsenteret har det også vært nødvendig å finne flere økonomiske bein å stå på.